Freiburg unter den Grafen von Freiburg (1218-1368)

Nach Aussterben der Zähringer Herzöge folgten als deren Erben die Grafen von Urach unter der Regie des Grafen Egino V. von Urach, der mit Agnes von Zähringen, die Schwester von Berthold V. von Zähringen, verheiratet war. Das Adelsgeschlecht stammte ursprünglich aus Schwaben und übernahm den rechtsrheinischen Teil des Zähringer Erbes an. Die zähringischen Besitzungen in der Schweiz und Burgund fielen an Eginos Schwager Ulrich von Kyburg. Sie nannten sich bald nach ihrem übernommenen Machtzentrum am Oberrhein Grafen von Freiburg. Unter ihnen wurden der Münsterbau - der bereits unter den Zähringer Herzögen begonnen wurde - im gotischen Baustil fortgeführt und neue Klöster in der aufblühenden Stadt angesiedelt. Die Stadt und ihre Bürgerschaft gerieten allerdings schon nach kurzer Zeit in Konflikt mit den Grafen. Als Folge einer andauernden finanziellen Schwächung der Grafen, sie waren stets in kostspielige Fehden verwickelt, konnte die Bürgerschaft 1293 eine neue, die Zünfte begünstigende Stadtverfassung absegnen.

Freiburg erhielt das finanziell ertragreiche Münzregal und die Bündnisfreiheit. Im Jahr 1299 kam es zu kämpferischern Auseinandersetzung zwischen Graf und Bürgern. Die Schlacht fand auf offenem Feld zwischen Altstadt und Lehen statt. Auch die Burg Freiburg auf dem Schlossberg wurde beschossen. Die Truppen des Grafen von Freiburg wurden unter anderem durch den Straßburger Bischof Konrad von Lichtenberg unterstützt. Die Schlacht gewannen vermutlich die Freiburger Bürger, nachdem ein Metzger namens Hauri den Bischof tödlich verletzte. Zur Sühne für den Tod des Bischofs wurde eine Bischofslinde gepflanzt und ein Bischofskreuz aufgestellt. Letzteres steht heute noch im Stadtteil Betzenhausen. Der Drang, sich aus der Herrschaft der Grafen vollständig zu lösen, wurde in den folgenden Jahrzehnten immer größer. Im Jahr 1368 kaufte sich Freiburg schließlich endgültig von den Grafen los und unterstellte sich freiwillig dem Hause Habsburg.